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人物
第九十八屆學生會
黒神目瀧(黒神 めだか(くろかみ めだか),聲:豐崎愛生)

本作的女主角。一年十三班的特校生,箱庭學園第99代生徒會長。15歲。
理事長不知火曾用骰子測試,結果發現全部骰子疊在一起的驚人異常結果。
被喻為是這個世界的「主人公」,千百年來難得一見的完美之人。
人吉 善吉(人吉 善吉(ひとよし ぜんきち),聲:小野友樹)

本作的男主角。一年一班的學生,第98代學生會庶務。血型為AB型,獅子座,左撇子。
黑神目高的青梅竹馬,總是守護著目高不讓她受到傷害。曾發誓絕不會讓目高再次聯想到當年的球磨川。
阿久根 高貴(阿久根 高貴(あくね こうき),聲:浪川大輔)

二年十一班的特別體育科學生,第98代學生會書記。血型為AB型,擁有柔道三段。
善吉和目高中學時期的舊識,也從那開始喜歡目高,討厭善吉,視他為「蟲子」。儘管經過多件學生會事件後,變得比較沒那麼排斥。
喜界島 茂假名(喜界島 もがな(きかいじま もがな),聲:茅野愛衣)

一年十一班的特別體育科學生,游泳隊的精英,學園第98代學生會會計。血型為AB型,綁馬尾的眼鏡女子,臉上不時泛著紅暈。
因為家境嚴苛而造成對金錢有異於常人的執著,被稱為向錢看齊的游泳隊飛魚之一。因為受到目高的精隨「過度的愛情表現」感化,以及屋久島和種子島的關心,而大大改觀對金錢至上的主義。最後成為學生會會計,資格為簿記一級,不過每日的租借費用達320元。
風紀委員會
雲仙 冥利(雲仙 冥利(うんぜん みょうり),聲:朴璐美)

風紀委員長,二年十三班的學生,10歲跳級生的資格,通稱「怪物兒童」(モンスターチャイルド)。
一頭向外開的亂毛,眼瞳呈多同心圓狀。9歲在箱庭以跳級生的特待資格入取的秀才。性格傲慢、偏激,為了正義可以捨身取義。討厭虛偽的現實並予以「規則」強制處理,『輕視根性不良的性惡說』。
鬼瀨 針音(鬼瀬 針音(おにがせ はりがね))

風紀委員會第三部隊隊長,一年三班的學生,頭戴十字鈕扣狀的髮髻,別名「美國手銬的鬼瀨」,是一名直接由委員長(雲仙)指定的風紀委員,可以為了維護風紀而不惜使用暴力。
使用武器是手銬,使用方式是套在手中成拳套的架式,搭配鬼瀨的腕力可不是一般的強勁。
呼子 笛(呼子 笛(よぶこ ふえ))

風紀委員、副委員長。二年十班的學生。武器是鐵製的鎖鍊劍。髮邊呈兩邊翹起,並且很聽雲仙的話。
「為獲得雲仙的青睞」的動機成為風紀委員會,完全與個人的嚮往有很大的關係,因而有不同於他人的忠誠心。
十三班的十三人

高千穗 仕種(高千穂 仕種(たかちほ しぐさ))
三年十三班的學生,血型:AB,實驗名「棘毛布 棘毛布(ハードラッピング(Hard Wrapping))」。
自稱有五次想殺了目高,但全以失敗告終。
在8歲時的小學躲避球賽中瞭解到自己的異常,為此感受到驕傲和優越感,直到12歲時從一場車禍倖免而意識到自己並非優於常人,而是異於常人。
異常性
反射神經(Autopilot)
驚人的反應神經還有肉體能力,可以在他人做出動作前事先作出反應。
宗像 形(宗像 形(むなかた けい))
三年十三班的學生,血型:AB,實驗名「乾枯的樹海 枯れた樹海(ラストカーペット(Last Carpet))」。

被指名通緝的殺人魔(實為虛假,是理事長為避開與人之間的交流),被真黑鍛練過後,手段高到異常程度而號稱是極限的體現者,不過使用武器的方式卻算是外行人。
黑神真黑的徒弟。
異常性
殺人衝動
5歲時開始抱以「如果殺了他,他是否會死」的心態,自稱是有足夠殺人的理由去攻擊,但理由都十分莫名其妙。
古賀 伊丹(古賀 いたみ(こが いたみ))
二年十三班的學生,夭歌的好朋友,血型:AB。實驗名「骨折斷指 骨折り指切り(ベストペイン(Vest Pain))」。

與高千穗相對的是最強的女人,可以做出無視重力的驚人動作和誇張的破壞力,最誇張的是自我修復能力只須10秒。堪稱凌駕於黑神之上的戰鬥力。
大胸部,臉上掛著笑臉的面貌。對異常憧憬過頭的她而被名瀨稱為「最強的實驗動物」。
異常性
對異常的執著
會被異常吸引,亦樂於運用異常,要把異常發揮到極致。
名瀨 夭歌/黑神 鯨(名瀬 夭歌(なぜ ようか) / 黒神 くじら(くろかみ くじら))
二年十三班的學生,燒瓶計畫的監督,血型:AB。實驗名「黑色繃帶 黒い包帯(ブラックホワイト(Black White))」。實際上為黑神目高失散多年的姐姐。

用顫慄的語調說話,因為討厭自己真實的面貌所招來的眼光,將臉部綁滿繃帶並插著一把刀子,實際上是個美人,本著假名從原先的11班轉到13班,是阿久根的同班同學。
異常性
禁慾(Stoic)
從不渴望任何愉悅,不允許自己獲得幸福。認為「美妙的東西只會從地獄誕生」就是她的觀點並一直堅持著。
行橋 未造(行橋 未造(ゆくはし みぞう))
三年十三班的學生,總是跟隨著王土。血型:AB。實驗名「窄門 狹き門(ラビットラビリンス(Rabbit Labyrinth))」。
異常性
受信感度
死穴靈敏度過高,連同週遭的變化和痛楚都能一併傳達且接收,並轉化為切身的「感動」。
都城 王土(都城 王土(みやこのじょう おうど))
三年十三班的學生,燒瓶計畫的中心人物。血型:AB,實驗名「創帝 創帝(クリエイト(Create))」。
個性高傲,自視甚高,完完全全的視自己為王一般的存在。

小時因為了解自身的能力,認為他是為了駕馭此力量不能被異常控制而從6歲就開始獨立生活,將此崇高的「使命感」作為王的試煉而誕生。為了百姓、為了世界的和平,捨棄了一切花了7年的時間,開始為了能夠掌控自身的異常性而努力著。最後卻因為敗給權力所帶來的慾望而從此感到絕望。
還擁有變身的能力,只是似乎不怎麼起眼。
都城王土的真髓(行橋、都城說)
真髓之一:言語的分量
能夠以電磁波操縱他人的身體,肉體比起本人的意志會更優先實行王土的命令
真髓之二:無理苛賦(蠻橫的重稅)
是能100%將他人的異常性奪取
異常性
人心支配
能釋出電磁波對他人加以控制或洗腦,還有想奴役他人的衝動。